Situata su di una spianata alta circa 30 metri sul livello del mare, Selinunte prende il nome dal Selinon, il prezzemolo selvatico. Venne fondata da coloni di Megara Hyblaea guidati dall' ecista Pammilos, nel VII secolo a.C. Immigrazioni successive di coloni megaresi sicelioti si ebbero sia negli ultimi decenni del VII sia per tutto il VI secolo fino agli inizi del V. Selinunte tentò  di fondare delle colonie nella Sicilia occidentale (Eraclea Minoa). Ebbe numerosi e forti contrasti con Segesta fino al 409, anno della sua distruzione avvenuta proprio ad opera dei Cartaginesi. Selinunte così si trovò sottomessa al dominio dei Punici che la fortificarono e la ricostruirono, nell'area dove prima sorgeva l'acropoli: i resti archeologici presentano un abitato misto, punico e greco. Il dominio cartaginese, durò fino alla I guerra punica. Cartagine, per difendersi dagli attacchi romani, decise di concentrare le sue forze a Lylibeo, trasferendovi la popolazione di Selinunte, distruggendone la città ed abbandonandola alla rovina. Un violento terremoto, nel secolo X o XI, finì forse per ridurre ad un cumulo di rovine i monumenti dell'antica città. Nella seconda metà del XVI secolo, la città fu riscoperta dallo storico Tommaso Fazello. Nel 1823 gli inglesi intrapresero degli scavi archeologici.
E' in fase di attuazione un vasto programma di studi e di ricerche del parco archeologico e di allestimento museografico.