Située sur un plaine à environ 30 mètres au dessus du niveau de la mer, Selinunte prend son nom de Selinon, le persil sauvage.
Elle a été fondée par des colons de Mégare Hyblaea conduites par les Pammilos dans le VII siecle a.C. Immigration suivantes des colons de Mégare sicelioti il sont etaient dans les dernières décennies du VII et VI e siècles et pour le début de V siecle.
Selinunte a tenté de fonder des colonies dans l'ouest de la Sicile (Eraclea Minoa).
Il a eu de nombreux et forts contrastes avec Segesta jusqu'à 409, l'année de sa destruction par les Carthaginois. Selinunte alors il se retrouve soumis à la domination des Carthaginois, qui fortifia et reconstruit, la zone où se trouvait autrefois l'acropole: les vestiges archéologiques montrent un village mixte, punique et grec.
La domination carthaginoise a duré jusqu'à la première guerre punique.
Carthage, pour se défendre contre les attaques des Romains, il a décidé de concentrer ses forces dans Lylibeo, déplacer la population de Selinunte, détruisant la ville et abandonnant à la ruine.
Un puissant séisme dans le dixième ou onzième siècle, réduite à un tas de ruines, les monuments et la ville antique.
Dans la seconde moitié du XVI siècle, la ville a été redécouvert par l'historien Thomas Fazello.
En 1823, les Britanniques ont entrepris des fouilles archéologiques. Et dans le processus de mise en œuvre d'un programme complet d'études et de recherche du parc archéologique et exposition muséologique.